La prima notizia certa su Agugliano risale al 1062 per la presenza di una citazione della Ecclesia Santa Mariae de Agugliano apparsa nella bolla di Papa Alessandro II.
L’origine del paese viene ricondotta alle concessioni di terra in favore dei veterani che avevano combattutto al fianco dell’imperatore Cesare Augusto. Il toponimo Agugliano deriverebbe dunque dal nome del possessore del territorio sul quale il paese venne edificato, Aquilius; da fundus Aquilianus si è giunti ad Aquigliano e quindi ad Agugliano.
A seguito della distruzione, dei castelli di Masi e Mimano, ubicati nelle zone attualmente occupate dai centri di Agugliano e Castel d’Emilio, il fundus Aquilianus divenne successivamente castrum e poi castello, seguendo il consueto fenomeno di incastellamento per il quale la popolazione tendeva ad aggregarsi in luoghi elevati per una miglior difesa e per una conseguente maggior sicurezza. La distruzione dei suddetti castelli è attestata durante il XIII secolo, e sarebbe da ricondursi agli scontri tra Papato e Svevi. La prima testimonianza del castrum agulliani risale al 1356, quando esso viene elencato nella Descriptio Marchiae del cardinale Albornoz.
Se gli sconvolgimenti subiti dal castello di Agugliano fanno sì che sia oggi riconoscibile solo l’antico perimetro murario, si può affermare il contrario per Castel d’Emilio, insediamento edificato su un fundus del milite Emilius, il cui territorio è annesso a quello di Agugliano dal 1800.
Proprio come accadde per Agugliano anche il castrum Mili venne edificato a seguito della distruzione delle precedenti fortificazioni di Masi e Mimano.
L’intero complesso del castello medievale è ancor oggi in buone condizioni, caratteristica la porta di entrata che si apre al centro di una torre merlata. La cinta muraria è perfettamente conservata e ancora oggi, cinge il paese.